2029年。世界已经被网络所覆盖，而人类的构成也产生了很大变化，许多保存着人类灵魂和躯体但内部却是由机械组成的人像普通人一样生活在城市里。

　　Motoko Kusanagi是公安9区的一名女警官，作为一个改造人她被赋予了许多高超的能力。但她却因为同时具有机械能力和人类灵魂而感到深深的迷惑和怀疑，不知该把自己处于生命的何种位置。

　　一个外号名叫“Puppet Master”的病毒出现在网络中，它不断吸附在改造人的头脑中，利用它们刺探极端机密的情报。通过与“Puppet Master”的几次交手，Motoko和另一名警官巴度始终无法将它捉拿归案。在行动过程中，Motoko头脑中的忧郁和迷茫与日俱增。